Preview

Инфекция и иммунитет

Расширенный поиск

Генотипирование возбудителей клещевого энцефалита и лихорадки Кемерово в таежных клещах, собранных в Республике Коми

https://doi.org/10.15789/2220-7619-GOT-1147

Полный текст:

Аннотация

В последние годы регистрируется резкий рост случаев укусов иксодовыми клещами в северных регионах Европейской части России. В Республике Коми также резко увеличилось число лиц, обратившихся за медицинской помощью в связи с укусом клеща. Одновременно наблюдается рост заболеваемости клещевым энцефалитом, который особенно усилился с 2009 г. Информация о генетическом разнообразии возбудителей вирусных клещевых инфекций в этом регионе крайне ограничена. С целью идентификации и ге-нотипирования возбудителей вирусных клещевых инфекций проведено исследование клещей I. persulcatus, собранных с растительности в южных и центральных районах Республики Коми. Методом ПЦР был выявлен генетический материал вирусов клещевого энцефалита и Кемерово в индивидуальных клещах. Секвениро-вание фрагментов генома этих вирусов позволило однозначно их идентифицировать. Генетический материал вируса клещевого энцефалита был выявлен в 6,8±1,2% случаев. Генотипирование выявленных изолятов, проведенное на основе анализа нуклеотидной последовательности фрагмента гена белка Е вируса клещевого энцефалита, позволило установить, что 35% изолятов относятся к дальневосточному генотипу, а 65% — к сибирскому генотипу вируса клещевого энцефалита. Филогенетический анализ секвенированных последовательностей показал наличие не менее четырех геновариантов сибирского и дальневосточного генотипов вируса клещевого энцефалита, близких к вариантам этого вируса, циркулирующим на Урале и в Сибири. Уровень инфицированности таежного клеща вирусом Кемерово составил 0,8±0,2%. Определение нуклеотидной последовательности фрагмента гена РНК-зависимой РНК-полимеразы вируса Кемерово позволило установить, что обнаруженный генетический материал вируса Кемерово имеет уровень гомологии приблизительно 94% при сравнении с другими известными последовательностями этого орбивируса. Филогенетический анализ фрагментов генома вируса Кемерово показал наличие не менее двух геновариантов этого вируса, циркулирующих в Республике Коми. Высказано предположение, что вирус клещевого энцефалита был относительно недавно интродуцирован в природные очаги Республики Коми из Уральского и Сибирского регионов. Генетические отличия вируса Кемерово предполагают более длительную эволюцию в исследованных природных очагах этого региона. Обсуждается возможная роль птиц и клещей, паразитирующих на них, в быстром распространении вирусных клещевых инфекций в Республике Коми. Данные по генетическому разнообразию выявленных возбудителей клещевого энцефалита и лихорадки Кемерово могут быть полезны для улучшения диагностики, профилактики и лечения этих инфекционных заболеваний в Республике Коми.

Об авторах

М. Ю. Карташов
ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия

Карташов Михаил Юрьевич - кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; научный сотрудник лаборатории биотехнологии и вирусологии, НГУ.

630559, Новосибирская область, п.г.т. Кольцово, Тел.: 8 923 419-31-92 (моб.), Факс: 8 (383) 336-74-09



Т. П. Микрюкова
ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Россия

Кандидат биологических наук, старший научный сотрудник отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов.

П.г.т. Кольцово, Новосибирская область


Е. И. Кривошеина
ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия

Стажер-исследователь отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; магистр кафедры биотехнологии НГУ.

Новосибирск



А. И. Кузнецов
ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет
Россия

Стажер-исследователь отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; магистр кафедры информационной биологии НГУ.

Новосибирск



Л. И. Глушкова
Управление Роспотребнадзора по Республике Коми
Россия

Доктор медицинских наук, профессор, руководитель.

Сыктывкар


И. В. Корабельников
ФГУП «Дезинфекция» Роспотребнадзора
Россия

Доктор медицинских наук, профессор, директор.

Сыктывкар


Ю. И. Егорова
ФГУП «Дезинфекция» Роспотребнадзора
Россия

Энтомолог.

Сыктывкар



В. А. Терновой
ФБУН Государственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора
Россия

Кандидат биологических наук, зав. лабораторией молекулярной эпидемиологии особо опасных инфекций отдела молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов.

П.г.т. Кольцово, Новосибирская область



В. Б. Локтев
ФБУНГосударственный научный центр вирусологии и биотехнологии «Вектор» Роспотребнадзора; ФГАОУВО Новосибирский национальный исследовательский государственный университет; ФГБУН ФИЦИнститут цитологии и генетики, СО РАН
Россия

Доктор биологических наук, профессор, зав. отделом молекулярной вирусологии флавивирусов и вирусных гепатитов ГГЦВБ Вектор Роспотребнадзора; профессор, кафедра биомедицинской физики, Новосибирский государственный университет; ведущий научный сотрудник, лаборатория молекулярных механизмов патологических процессов ФГБУН ФИЦ ИЦГ, СО РАН.

Новосибирск



Список литературы

1. Глушкова Л.И., Корабельников И.В., Егорова Ю.И., Терновой В.А., Протопопова Е.В., Микрюкова Т.П., Кононова Ю.В., Чаусов Е.В., Локтев В.Б. Возбудители инфекционных заболеваний в организме таежного клеща на территории Республики Коми // Дезинфекционное дело. 2012. № 1. С. 52—55.

2. Глушакова Л.И., Корабельников И.В., Терновой В.А., Протопопова Е.В., Микрюкова Т.П., Кононова Ю.В., Коновалова С.Н., Тупота Н.Л., Карташов М.Ю., Чаусов Е.В., Локтев В.Б., Егорова Ю.И. Выявление возбудителей заболеваний в Ixodes persulcatus на территории Республики Коми // Сибирский медицинский журнал. 2012. T. 111, № 4. С. 88—91.

3. Микрюкова Т.П., Чаусов Е.В., Коновалова С.Н., Кононова Ю.В., Протопопова Е.В., Карташов М.Ю., Терновой В.А., Глушкова Л.И., Корабельников И.В., Егорова Ю.И., Локтев В.Б. Генетическое разнообразие вируса клещевого энцефалита в клещах Ixodes persulcatus в северо-восточном регионе Европейской части России // Паразитология. 2014. T. 48, № 2. С. 131—149.

4. Сафонова М.В., Дедков В.Г., Гмыль А.П., Карганова Г.Г., Сперанская А.С., Неверов А.Д., Федонин Г.Г., Валдохина А.В., Пимкина Е.В., Маркелов М.Л., Шипулин Г.А. Изучение генетического разнообразия вируса Кемерово // Национальные приоритеты России. 2016. № 4 (22). C. 96—100.

5. Dai X., Shang G., Lu S., Yang J., Xu J. A new subtype of eastern tick-borne encephalitis virus discovered in Qinghai-Tibet Plateau, China. Emerg. Microbes Infect., 2018, vol. 74, no. 7. doi: 10.1038/s41426-018-0081-6

6. Dedkov V.G., Markelov M.L., Gridneva K.A., Bekova M.V., Gmyl A.P., Kozlovskaya L.I., Karganova G.G., Romanova L.Iu., Pogodina V.V., Yakimenko V.V., Shipulin G.A. Prevalence of Kemerovo virus in ixodid ticks from the Russian Federation. Ticks Tick-Borne Dis., 2014, vol. 5, no. 6, pp. 651—655. doi: 10.1016/j.ttbdis.2014.04.017

7. Dilcher M., Hasib L., Lechner M., Wieseke N., Middendorf M., Marz M., Koch A., Spiegel M., Dobler G., Hufert F.T., Weidmann M. Genetic characterization of Tribec virus and Kemerovo virus, two tick-transmitted human-pathogenic Orbiviruses. Virology, 2012, vol. 423, no. 1, pp. 68—76. doi: 10.1016/j.virol.2011.11.020

8. Ecker M., Allison S.L., Meixner T., Heinz F.X. Sequence analysis and genetic classification of tick-born encephalitis viruses from Europe and Asia. J. Gen. Virol., 1999, vol. 80 (Pt.1), pp. 179-185. doi: 10.1099/0022-1317-80-1-179

9. Grard G., Moureau G., Charrel R.N., Lemasson J.J., Gonzalez J.P., Gallian P., Gritsun T.S., Holmes E.C., Gould E.A., de Lam-ballerie X. Genetic characterization of tick-borne flaviviruses: new insights into evolution, pathogenetic determinants and taxonomy. Virology, 2007, vol. 361, no. 1, pp. 80-92. doi: 10.1016/j.virol.2006.09.015

10. Gritsun T.S., Lashkevich V.A., Gould E.A. Tick-born encephalitis. Antiviral Res., 2003, vol. 57, no. 1-2, pp. 129-146. doi: 10.1016/S0166-3542(02)00206-1

11. Hubalek Z., Rudolf I. Tick-borne viruses in Europe. Parasitol. Res., 2012, vol. 111, no. 1,pp. 9-36. doi: 10.1()()7/s()()436-()12-291()-1

12. Kumar S., Stecher G., Tamura K. (2015) MEGA7: Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 7.0 for Bigger Datasets. Mol. Biol. Evol, 2015, vol. 33, no. 7, pp. 1870-1874. doi: 10.1093/molbev/msw054

13. Major L., Linn M.L., Slade R.W., Schroder W.A., Hyatt A.D., Gardner J., Cowley J., Suhrbier A. Ticks associated with Macquarie island penguins carry arboviruses from four genera. PLoS One, 2009, vol. 4, no. 2. doi: 10.1371/journal.pone.0004375

14. Mikryukova T.P., Moskvitina N.S., Kononova Y.V., Korobitsyn I.G., Kartashov M.Y., Tyuten’kov O.Y., Protopopova E.V., Romanenko V.N., Chausov E.V., Gashkov S.I., Konovalova S.N., Moskvitin S.S., Tupota N.L., Sementsova A.O., Ternovoi V.A., Loktev V.B. Surveillance of tick-borne encephalitis virus in wild birds and ixodes ticks in Tomsk city and its suburbs (Western Siberia). Ticks and Tick-Borne Dis., 2014, vol. 5, no. 2, pp. 145—151. doi: 10.1016/j.ttbdis.2013.10.004

15. Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., the UGENE team. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics, 2012, vol. 28, no. 8, pp. 1166—1167. doi: 10.1093/bioinformatics/bts091

16. Tkachev S.E., Tikunov A.Y., Babkin I.V., Livanova N.N., Livanov S.G., Panov V.V., Yakimenko V.V., Tantsev A.K., Taranenko D.E., Tikunova N.V. Occurrence and genetic variability of Kemerovo virus in Ixodes ticks from different regions of Western Siberia, Russia and Kazakhstan. Infect. Genet. Evol, 2017, vol. 47, pp. 56—63. doi: 10.1016/j.meegid.2016.11.007

17. Tokarevich N.K., Tronin A.A., Blinova O.V., Buzinov R.V., Boltenkov V.P., Yurasova E.D., Nurse J. The impact of climate change on the expansion of Ixodes persulcatus habitat and the incidence of tick-borne encephalitis in the north of European Russia. Glob. Health Action, 2011, no. 4: 8448. doi: 10.3402/gha.v4i0.8448

18. Tokarevich N., Tronin A., Gnativ B., Revich B., Blinova O., Evengard B. Impact of air temperature variations on the ixodid ticks habitat and tick-borne encephalitis incidence in the Russian Arctic: the case of Komi Republic. Int. J. Circumpolar. Health, 2017, vol. 76, no. 1:1298882. doi: 10.1080/22423982.2017.1298882


Дополнительные файлы

1. метаданные_подписи
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (184KB)    
Метаданные
2. Титульный лист
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (33KB)    
Метаданные
3. Резюме
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (35KB)    
Метаданные
4. Рисунок_1_Карташов
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (439KB)    
Метаданные
5. Рисунок_2_Карташов
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (223KB)    
Метаданные
6. таблица_1_Карташов
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (39KB)    
Метаданные
7. Рисунки_издательство
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (347KB)    
Метаданные

Для цитирования:


Карташов М.Ю., Микрюкова Т.П., Кривошеина Е.И., Кузнецов А.И., Глушкова Л.И., Корабельников И.В., Егорова Ю.И., Терновой В.А., Локтев В.Б. Генотипирование возбудителей клещевого энцефалита и лихорадки Кемерово в таежных клещах, собранных в Республике Коми. Инфекция и иммунитет. 2020;10(1):159-166. https://doi.org/10.15789/2220-7619-GOT-1147

For citation:


Kartashov M.Yu., Mikryukova T.P., Krivosheina E.I., Kuznetsov A.I., Glushkova L.I., Korabel`nikov I.V., Egorova Y.I., Ternovoi V.A., Loktev V.B. Genotyping of tick-borne encephalitis and Kemerovo viruses in taiga ticks collected in the Komi Republic. Russian Journal of Infection and Immunity. 2020;10(1):159-166. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/2220-7619-GOT-1147

Просмотров: 135


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2220-7619 (Print)
ISSN 2313-7398 (Online)