Preview

Инфекция и иммунитет

Расширенный поиск

ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ВИРУСА ГЕПАТИТА С СРЕДИ НАСЕЛЕНИЯ НАНАЙСКОГО РАЙОНА ХАБАРОВСКОГО КРАЯ

https://doi.org/10.15789/2220-7619-GDO-1265

Полный текст:

Аннотация

Изучение генетического разнообразия вируса гепатита С (HCV) имеет большое практическое значение при проведении молекулярно-эпидемиологических исследований, разработке средств специфической профилактики и для определения тактики терапии. Цель исследования: провести анализ генетического разнообразия HCV, циркулирующего среди населения Нанайского района Хабаровского края. Материалы и методы. Проведен серологический и молекулярно-генетический анализ 124 образцов сыворотки/плазмы крови от пациентов с диагнозом хронический гепатит C (ХГС), проживающих на территории Нанайского района Хабаровского края. Результаты. РНК HCV была обнаружена в 84 (67,7±4,2%) образцах плазмы крови. Генотипирование HCV, проведенное с использованием набора «АмплиСенс -1/2/3» (ФБУН Центральный НИИ эпидемиологии Роспотребнадзора, Москва) показало, что на территории района наиболее распространен 3 генотип вируса – 47,6±5,4% (n=40). Генотип 1 HCV обнаружен у 30 пациентов (35,7±5,2%). В 13 случаях (15,5±3,9%) выявлен 2 генотип и у 1 пациента (1,2±1,2%) генотип не определился. Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей области NS5b генома HCV, проведенный для 60 РНК HCV-положительных образцов, показал следующее соотношение субтипов: 1а – 2 (3,3±2,3%), 1в -  23 (38,3±6,3%), 2а – 6 (10±3,9%), 2с – 2 (3,3±2,3%), 3а – 27(45±6,4%). В ходе исследования было выявлено 3 пробы, принадлежащие к рекомбинантной форме вируса RF2k/1b. С целью подтверждения рекомбинации были получены полные нуклеотидные последовательности гена NS2. Результаты исследования свидетельствуют о необходимости проведения дополнительного, комплексного обследования больных хроническими формами гепатита С с применением современных молекулярно-биологических методов для принятия решений об адекватной терапии, учитывая особенности выделенных изолятов. Данные о молекулярно-генетических характеристиках HCV, циркулирующих на отдельных территориях Дальнего Востока, весьма ограничены и проведенное молекулярно-генетическое исследование внесет дополнение в существующие представления о циркуляции геновариантов HCV на территориях Российской Федерации.

Об авторах

В. О. Котова
ФБУН Хабаровский НИИ эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора
Россия
зав лабораторией эпидемиологии и профилактики вирусных гепатитов и СПИДа


Л. А. Балахонцева
Центр по профилактике и борьбе со СПИД, ФБУН «Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора
Россия


Е. А. Базыкина
Центр по профилактике и борьбе со СПИД, ФБУН «Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора
Россия


О. Е. Троценко
Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии Роспотребнадзора РФ, Хабаровский научно-исследовательский институт эпидемиологии и микробиологии» Роспотребнадзора
Россия


В. Н. Бельды
КГБУЗ «Троицкая центральная районная больница» Министерства здравоохранения Хабаровского края
Россия


С. Е. Кирдяшова
КГБУЗ «Троицкая центральная районная больница» Министерства здравоохранения Хабаровского края
Россия


Список литературы

1. Порядковый номер ссылки Авторы, название публикации и источника, где она опубликована, выходные данные ФИО, название публикации и источника на английском Полный интернет-адрес (URL) цитируемой статьи и/или

2. Дементьева Н.Е., Калинина О.В., Знойко О.О., Беляков Н.А., Жебрун А.Б. Циркулирующая рекомбинантная форма вируса гепатита С RF2k/1b: проблемы диагностики и терапии // ВИЧ-инфекция и иммуносупрессии. 2016. Т.8, №1. С.42-52. Dementyeva N.Ye., Kalinina O.V., Znoyko O.O., Belyakov N.A., Zhebrun A.B. The circulating recombinant form RF2k/1b of hepatitis C virus: problems in diagnostics and therapy. VICH-infektsiya i immunosupressii = HIV Infection and Immunosuppressive Disorders, 2016, vol. 8, no.1, pp. 42-52. https://elibrary.ru/item.asp?id=25968021

3. [doi.org/10.22328/2077-9828-2016-8-1-42-52]

4. Кравченко А.В., Куимова У.А., Ганкина Н.Ю., Канестри В.Г., Чуланов В.П. Предикторы устойчивого вирусологического ответа при терапии хронического гепатита пегилированным интерфероном и рибавирином у больных ВИЧ-инфекцией // Инфекционные болезни. 2014. Т. 12, № 2. С. 30–34. Kravchenko A.V., Kuimova U.A., Gankina N.Yu., Kanestri V.G., Chulanov V.P Predictors of sustained virologic response in therapy of chronic hepatitis with pegylated interferon and ribavirin in patients with HIV infection. Infekcionnye bolezni = Infektsionnye bolezni, 2014, vol. 12, no. 2, pp. 30–34.

5. https://elibrary.ru/item.asp?id=21905928

6. Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Молекулярно-биологические основы контроля вирусных гепатитов. Москва: «Икар», 2013. 336 с Kyuregyan K.K., Mikhailov M.I. Molecular biological basis of viral hepatitis control. Моscow: «Ikar», 2013. 336 p http://nauka.x-pdf.ru/17biologiya/451627-9-molekulyarno-biologicheskie-osnovi-kontrolya-virusnih-gepatitov-moskva-2013-udk-578-bbk-526-recenzenti-prezident-gb.php

7. Львов, Д. К., Самохвалов Е.И., Миширо С., Тсуда Ф., Селиванов Н.А., Окамото Х., Стаханова В.М. Закономерности распространения вируса гепатита С и его генотипов в России и странах СНГ // Вопросы вирусологии. 1997. № 4. С. 157-161 L'vov, D. K., Samokhvalov E.I., Mishiro S., Tsuda F., Selivanov N.A., Okamoto H. Regularities in the spread of hepatitis C virus and its genotypes in Russian and countries within the former USSR. Voprosy virusologii = Problems of Virology, 1997, no. 4, pp.157-161.

8. Мукомолов, С.Л., Левакова Л.Г., Сулягина Е.В., Синайская Е.В., Болсун Д.Д., Иванова Н.В. Современная эпидемиология гепатита С в России // Эпидемиология и инфекционные болезни. Актуальные вопросы. 2012. № 6. C. 21–25. Mukomolov, S.L., Levakova L.G., Sulyagina E.V., Sinaiskaya E.V., Bolsun D.D., Ivanova N.V. Current epidemiology of hepatitis С in Russia. Epidemiologiya i infektsionnie bolezni. Aktualnie voprosi = Epidemiology and Infectious Diseases. Current Items, 2012, no. 6, pp. 21–25. https://lib.medvestnik.ru/articles/Sovremennaya-epidemiologiya-gepatita-S-v-Rossii.html

9. Семенов А.В., Останкова Ю.В., Герасимова В.В., Бичурина М.А., Козлов А.В., Мукомолов С.Л., Тотолян А.А. Молекулярно-эпидемиологические особенности изолятов вируса гепатита С из разных регионов Республики Саха (Якутия) // Инфекция и иммунитет. – 2015. Т.5. №4. С.359-372. Semenov A.V., Ostankova Yu.V., Gerasimova V.V., Bichurina M.A., Kozlov A.V., Mukomolov S.L., Totolian A.A. Molecular epidemiology features of hepatitis C virus isolates from different regions of the republic Sakha (Yakutia). Infektsiya i immunitet = Russian Journal of Infection and Immunity, 2015, vol.5, no.4, pp.359-372. https://www.iimmun.ru/iimm/article/view/353

10. doi.org/10.15789/2220-7619-2015-4-359-372

11. Соболева Н.В., Карлсен А.А., Кожанова Т.В., Кичатова В.С., Клушкина В.В., Исаева О.В., Игнатьева М.Е., Романенко В.В., Ооржак Н.Д., Малинникова Е.Ю., Кюрегян К.К., Михайлов М.И. Распространенность вируса гепатита С среди условно здорового населения Российской Федерации // Журнал инфектологии. 2017. Т.9. №2. С.56-64. Soboleva N.V., Karlsen A.A., Kozhanova T.V., Kichatova V.S., Klushkina V.B., Isaeva O.V., Ignatieva M.E., Romanenko V.V., Oorzhak N.D., Malinnikova E.Yu., Kuregyan K.K., Mikhailov M.I. The prevalence of the hepatitis С virus among the conditionally healthy population of the Russian Federation. Zhurnal infektologii. 2017, vol.9, no.2. pp.56-64. https://journal.niidi.ru/jofin/article/view/601

12. Чуб Е.В., Кочнева Г.В., Гранитов В.М., Нетесов С.В. Рекомбинанты вируса гепатита С типа 2k/1bу населения Алтайского края // Инфекционные болезни. 2007. Т.5.№ 4. С.5-11. Chub E.V., Kochneva G.V., Granitov V.M., Netesov S.V. Recombinants of hepatitis С virus type 2k/1b in the population of the Altai region. Infekcionnye bolezni = Infektsionnye bolezni. 2007, vol.5, no 4. pp.5-11. https://elibrary.ru/item.asp?id=9595266

13. Чуланов В.П., Пименов Н.Н., Мамонова Н.А., Сагалова О.И., Шестакова И.В., Покровский В.И. Хронический гепатит С как проблема здравоохранения России сегодня и завтра // Терапевтический архив. 2015. №11. С. 5-10. Chulanov V.P., Pimenov N.N., Mamonova N.A., Sagalova O.I., Shestakova I.V., Pokrovsky V.I. Chronic hepatitis C in Russia: current challenges and prospects. Terapevticheskii arkhiv. 2015. no.11. pp. 5-10. https://www.mediasphera.ru/issues/terapevticheskij-arkhiv/2015/11/downloads/ru/460040-36602015111

14. Borgia SM., Hedskog C., Parhy B., Hyland RH., Stamm LM., Brainard DM., Subramanian MG., McHutchison JG., Mo H., Svarovskaia E., Shafran SD. Identification of a novel hepatitis C virus genotype from Punjab, India: expanding classification of hepatitis C virus into 8 genotypes. J Infect Dis., 2018, vol. 218, no.11, pp. 1722-1729. https://academic.oup.com/jid/article-abstract/218/11/1722/5047409?redirectedFrom=fulltext

15. [doi:10.1093/infdis/jiy401]

16. Bukh J. The history of hepatitis C virus (HCV): Basic research reveals unique features in phylogeny, evolution and the viral life cycle with new perspectives for epidemic control. J Hepatol., 2016, vol. 65, no.1, S2-S21.

17. - https://www.journal-of-hepatology.eu/article/S0168-8278(16)30405-6/fulltext

18. [doi: 10.1016/j.jhep.2016.07.035]

19. Demetriou VL, Kyriakou E., Kostrikis LG . Near-full genome characterisation of two natural intergenotypic 2k/1b recombinant hepatitis C virus isolates. Adv Virol., 2011, 710438. 7p. - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3270303/pdf/AV2011-710438.pdf

20. [doi: 10.1155/2011/710438]

21. International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), 2019 (accessed: 30.05.2019).

22. - https://talk.ictvonline.org/ictv_wikis/flaviviridae/w/sg_flavi/56/hcv-classification.

23. Kalinina O., Norder H., Mukomolov S., Magnius L.O. A natural intergenotypic recombinant of hepatitis C virus identified in St. Petersburg. J. Virol., 2002, vol.76, no.8, pp. 4034–4043. - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC136067/pdf/1492.pdf

24. [doi:10.1128/jvi.76.8.4034-4043.2002]

25. Kalinina O., Norder H., Magnius L.O. Full-Length Open Reading Frame of a Recombinant hepatitis C Virus Strain from St. Petersburg: Proposed mechanism for its formation. J. Gen. Virol., 2004, vol.85, no. 7, pp.1853–1857. - https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/jgv/10.1099/vir.0.79984-0#tab2

26. [doi:10.1099/vir.0.79984-0.]

27. Kuiken C., Simmonds P. Nomenclature and numbering of the hepatitis C virus. Methods mol biol., 2009, no.510, pp.33–53. DOI: 10.1007/978-1-59745-394-3_4 - https://link.springer.com/protocol/10.1007%2F978-1-59745-394-3_4

28. [doi:10.1007/978-1-59745-394-3_4]

29. Messina J., Humphreys I., Flaxman A., Brown A., Cooke GS., Pybus OG., Barnes E. Global Distribution and Prevalence of Hepatitis C Virus Genotypes. Hepatology, 2015, vol.61, no.1, pp.77–87. - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4303918/pdf/hep0061-0077.pdf

30. [doi: 10.1002/hep.27259]

31. Morel V., Descamps V., François C., Fournier C., Brochot E., Capron D., Duverlie G., Castelain S. Emergence of a genomic variant of the recombinant 2k/1b strain during a mixed Hepatitis C infection: a case report. J Clin. Virol., 2010, vol.47, no. 4, pp.382-386.

32. - https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S138665321000020X?via%3Dihub

33. [doi: 10.1016/j.jcv.2010.01.011]

34. Rajhi M., Ghedira K., Chouikha A., Djebbi A., Cheikh I., Ben Yahia A., Sadraoui A., Hammami W., Azouz M., Ben Mami N., Triki H. Phylogenetic Analysis and Epidemic History of Hepatitis C Virus Genotype 2 in Tunisia, North Africa. PLoS One, 2016, vol.11, no. 4, e0153761. - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4839596/pdf/pone.0153761.pdf

35. [doi: 10.1371/journal.pone.0153761. eCollection 2016]

36. Simmonds P. Genetic diversity and evolution of hepatitis C virus-15 years on. J. Gen. Virol., 2004, vol.85, no.11, pp. 3173–3188. DOI:10.1099/vir.0.80401-0

37. - https://www.microbiologyresearch.org/content/journal/jgv/10.1099/vir.0.80401-0#tab2

38. [doi:10.1099/vir.0.80401-0]

39. Simmonds P., Bukh J., Combet C., Deléage G., Enomoto N., Feinstone S., Halfon P., Inchauspé G., Kuiken C., Maertens G., Mizokami M., Murphy DG., Okamoto H., Pawlotsky JM., Penin F., Sablon E., Shin-I T., Stuyver LJ., Thiel HJ., Viazov S., Weiner AJ., Widell A. Consensus proposals for a unified system of nomenclature of hepatitis C virus genotypes. Hepatology, 2005, vol.42, no.4, pp.962–973. - https://aasldpubs.onlinelibrary.wiley.com/doi/epdf/10.1002/hep.20819

40.

41. [doi:10.1002/hep.20819]

42. Smith DB, Bukh J., Kuiken C., Muerhoff AS., Rice CM., Stapleton JT., Simmonds P. Expanded classification of hepatitis C virus into 7 genotypes and 67 subtypes: updated criteria and genotype assignment web resource. Hepatology, 2014, vol.59, no. 1, pp. 318–327. - https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4063340/

43. [doi: 10.1002/hep.26744]

44. Tamura K., Stecher G., Peterson D., Filipski A, Kumar S. MEGA6: Molecular Evolutionary Genetics Analysis Version 6.0. Molecular Biology and Evolution, 2013, vol. 30, no.12, pp.2725-2729. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3840312/

45. [doi: 10.1093/molbev/mst197]

46. Thong VD, Akkarathamrongsin S., Poovorawan K. Hepatitis C virus genotype 6: Virology, epidemiology, genetic variation and clinical implication. World J Gastroenterol. 2014, vol.20, no.11, pp.2927-2940. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3961978/pdf/WJG-20-2927.pdf

47. [doi:10.3748/wjg.v20.i11.2927]

48. World Health Organization. Global hepatitis report, 2017. Geneva: World Health Organization, 2017, 83 p. (accessed: 15.05.2019). https://www.who.int/hepatitis/publications/global-hepatitis-report2017/en


Дополнительные файлы

1. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (15KB)    
Метаданные
2. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (15KB)    
Метаданные
3. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (12KB)    
Метаданные
4. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (15KB)    
Метаданные
5. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (15KB)    
Метаданные
6. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (13KB)    
Метаданные
7. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (11MB)    
Метаданные
8. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (12MB)    
Метаданные
9. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (14KB)    
Метаданные
10. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (29KB)    
Метаданные
11. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Посмотреть (238KB)    
Метаданные
12. Неозаглавлен
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Посмотреть (74KB)    
Метаданные
13. в издательство
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (365KB)    
Метаданные

Для цитирования:


Котова В.О., Балахонцева Л.А., Базыкина Е.А., Троценко О.Е., Бельды В.Н., Кирдяшова С.Е. ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ ВИРУСА ГЕПАТИТА С СРЕДИ НАСЕЛЕНИЯ НАНАЙСКОГО РАЙОНА ХАБАРОВСКОГО КРАЯ. Инфекция и иммунитет. 2020;. https://doi.org/10.15789/2220-7619-GDO-1265

For citation:


Kotova V., Balakhontseva L., Bazykina E., Trotsenko O., Beldy V., Kirdyashova S. GENETIC DIVERSITY OF HEPATITIS C VIRUS IN NANAIAN REGION, KHABAROVSK TERRITORY. Russian Journal of Infection and Immunity. 2020;. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/2220-7619-GDO-1265

Просмотров: 99


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2220-7619 (Print)
ISSN 2313-7398 (Online)