Preview

Инфекция и иммунитет

Расширенный поиск

СРАВНЕНИЕ ГЕНОМОВ ВИРУСОВ ГРИППА A(H1N1)pdm09, ПОЛУЧЕННЫХ ИЗ РАЗЛИЧНЫХ ТИПОВ ВИРУССОДЕРЖАЩЕГО МАТЕРИАЛА

https://doi.org/10.15789/2220-7619-2017-3-292-296

Полный текст:

Аннотация

В данной работе проведено сравнение генетических последовательностей вирусов гриппа, секвенированных из клинических образцов (носоглоточных мазков) и изолятов, выделенных на клетках линии MDCK и в развивающихся куриных эмбрионах. В ходе исследования были получены данные о том, что 1–2-кратное пассирование вирусов гриппа в клетках MDCK не приводит к возникновению дополнительных мутаций в геноме вируса гриппа, и генетический материал этого вируса идентичен генетическому материалу из клинического образца. При пассировании вирусов в куриных эмбрионах в течение 1–2 пассажей генетический материал вируса отличается от генетического материала из клинического образца, так как появляются мутации в рецепторной области гемагглютинина, приводящие к замене аминокислот (Q223R). Мутация Q223R меняет рецепторную специфичность  гемагглютинина с рецепторов человеческого типа (α-2,6-сиаловые  кислоты) на рецепторы птичьего типа (α-2,3-сиаловые кислоты). Полученные данные совпадают с данными японских исследователей, показавших, что аналогичная замена в гене гемагглютинина выявлена у японских штаммов вируса гриппа подтипа А(H1N1)pdm09, пассируемых в куриных эмбрионах в течение 1–2 пассажей. При дальнейшем их пассировании в куриных эмбрионах количество приобретенных адаптационных мутаций в поверхностных антигенах этих вирусов увеличивается. Таким образом, нами показано, что для генетического анализа эпидемически актуальных штаммов вирусов гриппа для рутинных задач эпидемиологического надзора использование прямого секвенирования  клинических образцов, содержащих генетический материал вирусов, дает возможность получить наиболее достоверные данные, повысить их оперативность, поскольку позволяет сэкономить время, обычно затрачиваемое на вирусовыделение. В случае, если необходимо провести предварительное выделение вирусов, например, при отсутствии возможности провести полногеномную амплификацию из клинического образца (низкое содержание материала, присутствие ингибиторов полимеразной цепной реакции), оптимальным является вирусовыделение на клетках линии MDCK с минимальным количеством пассажей, что и используется в практике эпидемического надзора.

Об авторах

А. В. Фадеев
ФГБУ НИИ гриппа Минздрава России
Россия

Фадеев Артем Викторович - научный сотрудник лаборатории молекулярной вирусологии.

197376, Санкт-Петербург, ул. Профессора  Попова, 15/17,. Тел.: 8 (812) 499-15-20 (служебн.)



И. Н. Жилинская
ФГБУ НИИ гриппа Минздрава России
Россия

Доктор биологических наук, ведущий научный сотрудник, лаборатории системной вирусологии 



Список литературы

1. Ramadhany R., Yasugi M., Nakamura S., Daidoji T., Watanabe Y., Takahashi K., Ikuta K., Nakaya T. Tropism of pandemic 2009 H1N1 inf luenza A virus. Front. Microbiol., 2012, vol. 3, p. 128. doi: 10.3389/fmicb.2012.00128

2. Shepard S.S., Meno S., Bahl J., Wilson M.M., Barnes J., Neuhaus E. Viral deep sequencing needs an adaptive approach: IRMA, the iterative refinement meta-assembler. BMC Genomics, 2016, vol. 17, p. 708. doi: 10.1186/s12864-016-3030-6

3. Zhou B., Wentworth D.E. Inf luenza A virus molecular virology techniques. Methods Mol. Biol., 2012, vol. 865, pp. 175–192. doi: 10.1007/978-1-61779-621-0_11


Для цитирования:


Фадеев А.В., Жилинская И.Н. СРАВНЕНИЕ ГЕНОМОВ ВИРУСОВ ГРИППА A(H1N1)pdm09, ПОЛУЧЕННЫХ ИЗ РАЗЛИЧНЫХ ТИПОВ ВИРУССОДЕРЖАЩЕГО МАТЕРИАЛА. Инфекция и иммунитет. 2017;7(3):292-296. https://doi.org/10.15789/2220-7619-2017-3-292-296

For citation:


Fadeev A.V., Zhilinskaya I.N. COMPARISON OF INFLUENZA A(H1N1)pdm09 GENOMES OBTAINED FROM DIFFERENT TYPES OF VIRUS-CONTAINING MATERIAL. Russian Journal of Infection and Immunity. 2017;7(3):292-296. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/2220-7619-2017-3-292-296

Просмотров: 191


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2220-7619 (Print)
ISSN 2313-7398 (Online)