Preview

Инфекция и иммунитет

Расширенный поиск

Генетическая и фенотипическая характеристика изолятов Klebsiella michiganensis

https://doi.org/10.15789/2220-7619-2019-5-6-648-654

Полный текст:

Аннотация

Цель исследования — выявить оптимальный объект поиска изолятов Klebsiella michiganensis, определить их генетические и фенотипические характеристики, необходимые для идентификации. Объектом исследования были 11 штаммов Klebsiella oxytoca, атипичные (отрицательные) по уникальному для клебсиелл маркеру 5-аминосалицилат декарбоксилазе. Они были отобраны для генетического исследования после фенотипического изучения клинических изолятов K. oxytoca, выделенных в 2015–2018 гг. в лечебных учреждениях Санкт-Петербурга. В контроле использовали по два клинических штамма K. oxytoca и Raoultella ornithinolytica с типичными свойствами. Наличие 5-аминосалицилат декарбоксилазы определяли по хромогенной реакции на питательной среде «Клебсиелла 5-АСК ХРОМ С» (НИИЭМ им. Пастера, Санкт-Петербург). Утилизацию субстратов в качестве единственного источника углерода выявляли на плотной минимальной синтетической среде с 2 г/л субстрата при инкубации посевов в течение 72 ч при 37°С. Биохимические признаки бактерий изучали микрообъемным методом тест-системой «Рапид-Энтеро» (НИИЭМ им. Пастера, Санкт-Петербург). Для генетической характеристики штаммов использовали гены 16S rRNA, gyrA, rpoB, pehX. Амплификацию фрагментов генов 16S rRNA, gyrA, rpoB проводили методом стандартной ПЦР с использованием праймеров, имеющих описанные ранее последовательности. Были амплифицированы два фрагмента гена rpoB, общей длиной 834 п.н., фрагмент гена 16SrRNA длиной 387 п.н., фрагмент гена gyrA длиной 441 п.н. Амплифицированные фрагменты секвенировали по Сенгеру на автоматическом капиллярном секвенаторе ABI 3130 (Applied Biosystems, США) с последующим применением методов определения уровней сходства секвенированных фрагментов генов. ПЦР фрагментов гена pehX для определения паттерна его амплификации проводили по ранее описанной методике с использованием двух пар праймеров, фланкирующих фрагмент AD длиной 513 п.н. и CD длиной 344 п.н. При изучении 11 штаммов бактерий, идентифицированных ранее как K. oxytoca, атипичных (негативных) по маркеру 5-аминосалицилат декарбоксилазе, были выявлены генетическим методом 9 штаммов K. michiganensis, 1 штамм-мутант K. oxytoca и 1 штамм с высокой степенью гомологии с Klebsiella kielensis по нуклеотидной последовательности гена rpoB, что подтверждает высокую информативность этого объекта исследования. У 4 штаммов K. oxytoca выявлено 99–100% сходства с K. michiganensis по всем фрагментам секвенированных генов. Только секвенирование гена rpoB обнаружило сходство всех 9 выявленных штаммов с K. michiganensis, что позволяет рекомендовать этот подход как наиболее информативный. Наличие гена pehX, кодирующего полигалактуроназу, подтверждено методом ПЦР у большинства штаммов K. michiganensis, поэтому это исследование нецелесообразно для их идентификации (дифференциации с K. oxytoca). Наиболее информативными для фенотипической идентификации K. michiganensis являются тесты, по которым большинство штаммов имеют единый профиль: отсутствие 5-аминосалицилат декарбоксилазы, утилизации гистамина, дульцитола, трикарбаллиловой кислоты; наличие продукции индола, утилизации D-мелицитозы, путресцина.

Об авторах

Е. П. Сиволодский
ФГБВОУ ВО Военно-медицинская академия им. С.М. Кирова МО РФ; ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера
Россия

д.м.н., профессор кафедры микробиологии; старший научный сотрудник лаборатории молекулярно-биологических технологий

Санкт-Петербург



О. А. Фрейлихман
ФБУН НИИ эпидемиологии и микробиологии имени Пастера
Россия

Фрейлихман Ольга Александровна, к.б.н., зав. лабораторией молекулярно-биологических технологий 

197101, Санкт-Петербург, ул. Мира, 14.

Тел.: 8 (812) 232-01-08 (служебн.).



Список литературы

1. Сиволодский Е.П. Специфическое свойство бактерий рода Klebsiella — цветная реакция с 5-аминосалициловой кислотой в питательной среде // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 1988. № 12. С. 26–29.

2. Сиволодский Е.П. Хромогенная синтетическая питательная среда «Клебсиелла 5-АСК ХРОМ С» для выделения и идентификации клебсиелл // Клиническая лабораторная диагностика. 2015. Т. 60, № 5. С. 48–51.

3. Brisse S., Verhoef J. Phylogenetic diversity of Klebsiella pneumoniae and Klebsiella oxytoca clinical isolates revealed by randomly amplified polymorphic DNA, gyrA and parC genes sequencing and ribotyping. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2001, vol. 51, pp. 915–924. doi: 10.1099/00207713-51-3-915

4. Granier S., Plaisance L., Leflon-Guibout V., Lagier E., Morand S., Goldstein F., Nicolas-Chanoine M. Recognition of two genetic groups in the Klebsiella oxytoca taxon on the basis of chromosomal β-lactamase and housekeeping gene sequences as well as ERIC-1R PCR typing. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2003, vol. 53 (pt. 3), pp. 661–668. doi: 10.1099/ijs.0.02408-0

5. Kovtunovych G., Lytvynenko T., Negrutska V., Lar O., Brisse S., Kozyrovska N. Identification of Klebsiella oxytoca using a specific PCR assay targeting the polygalacturonase pehX gene. Res. Microbiol., 2003, vol. 154, pp. 587–592. doi: 10.1016/S0923-2508(03)00148-7

6. Liao T.L., Lin A.C., Chen E., Huang T.W., Liu Y.M., Chang Y.H., Lei J.F., Lauderdale T.L., Wang J.T., Chang S.L., Tsai S.F., Chen Y.T. Complete genome sequence of Klebsiella oxytoca E718, a New Delhi metallo-β-lactamase-1-producing nosocomial strain. J. Bacteriol., 2012, vol. 194, no. 19, pp. 5454. doi: 10.1128/JB.01216-12

7. Passet V., Brisse S. Description of Klebsiella grimontii sp. nov. Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 2018, vol. 68, pp. 377–381. doi: 10.1099/ijsem.0.002517

8. Saha R., Farrance Ch.E., Verghese B., Hong S., Donofrio R. Klebsiella michiganensis sp. nov. a new bacterium isolated from a tooth brust holder. Curr. Microbiol., 2013, vol. 66, pp. 72–78. doi: 10.1007/s00284-012-0245-x

9. Zheng B., Xu H., Ya X., Lv T., Jiang X., Cheng H., Zhang J., Chen Y., Huang C., Xiao Y. Identification and genomic characterization of a RPC-2-, NDM-1and NDM-5-producing Klebsiella michiganensis isolate. J. Antimicrob. Chemother., 2018, vol. 73, no. 2, pp. 536–538. doi: 10.1093/jac/dkx415


Дополнительные файлы

1. Метаданные
Тема
Тип Прочее
Скачать (15KB)    
Метаданные
2. Подписи авторов
Тема
Тип Прочее
Скачать (801KB)    
Метаданные
3. Резюме
Тема
Тип Результаты исследования
Скачать (27KB)    
Метаданные
4. Титульный лист
Тема
Тип Прочее
Скачать (16KB)    
Метаданные
5. Таблица 1
Тема
Тип Материалы исследования
Скачать (20KB)    
Метаданные
6. Таблица 2
Тема
Тип Результаты исследования
Скачать (19KB)    
Метаданные
7. Литература
Тема
Тип Прочее
Скачать (22KB)    
Метаданные
8. Исправленное резюме
Тема
Тип Чистый текст
Скачать (26KB)    
Метаданные
9. Исправленный полный текст статьи
Тема
Тип Прочее
Скачать (186KB)    
Метаданные

Для цитирования:


Сиволодский Е.П., Фрейлихман О.А. Генетическая и фенотипическая характеристика изолятов Klebsiella michiganensis. Инфекция и иммунитет. 2019;9(5-6):648-654. https://doi.org/10.15789/2220-7619-2019-5-6-648-654

For citation:


Sivolodskii E.P., Freylikhman O.A. Genetic and phenotypic characteristics of Klebsiella michiganensis isolates. Russian Journal of Infection and Immunity. 2019;9(5-6):648-654. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/2220-7619-2019-5-6-648-654

Просмотров: 234


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2220-7619 (Print)
ISSN 2313-7398 (Online)