Preview

Инфекция и иммунитет

Расширенный поиск

VNTR локусы как индикаторы пролинзависимых штаммов микроба чумы (Yersinia pestis) в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы

https://doi.org/10.15789/2220-7619-VLA-770

Полный текст:

Аннотация

MLVA типирование микроба чумы используют как для поиска сходств и различий между отдельными изолятами при проведении эпидемиологических расследований, так и для клональной кластеризации внутривидовых филогенетических групп для решения вопросов микроэволюции и таксономии. Нельзя исключить, что наиболее вариабельные локусы могут являться индикаторами, позволяющими аппроксимировать уникальные свойства штаммов, циркулирующих в определенных природных очагах чумы. Удобной моделью для проверки этой гипотезы может быть Центрально-Кавказский высокогорный природный очаг чумы, отличающийся гетерогенностью циркулирующих в нем штаммов, в том числе по про- и ауксотрофии по пролину. Целью нашей работы было определение сочетающихся с пролинзависимостью частот аллелей VNTR локусов штаммов возбудителя чумы, определяемых при MLVA-25 типировании в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы. Основной задачей являлось выявление наиболее информативных наборов аллелей VNTR локусов, пригодных для прогнозирования про- и ауксотрофии (pro+, pro-) по пролину. Было обнаружено, что локусы ms45, ms56, ms46, ms07, ms69, ms62 являются высоковариабельными по частотам аллелей и/или имеют достоверное различие средних частот аллелей VNTR локусов про- и ауксотрофных штаммов микроба чумы. Анализ частот аллелей локуса ms45, показал, что в случае выявления аллелей, содержащих 6 повторов, с вероятностью 0,944 ожидается pro+ штамм, при 7 повторах локуса ms45, с вероятностью 0,783 pro- штамм, при 9 повторах локуса ms56 с вероятностью 0,933 штамм pro+, свыше 18 тандемных повторов локуса ms46 вероятность pro+ фенотипа равна 0,818. Проведенная диагностика на pro+/pro- свойство штаммов с использованием статистических методов показала ошибку 13,33 % для pro- штамма и 26,67 %. для pro+ штамма. Все штаммы pro+, которые имели комплекс из 6 тандемных повторов ms45, 9 повторов ms56 и 29-30 повторов ms46 безошибочно диагностировались с использованием только этих 3 локусов. Таким образом, возможно прогнозировать некоторые свойства штаммов микроба чумы, исходя из значений частот аллелей локусов. С увеличением числа MLVA типированных штаммов микроба чумы, выделенных в этом очаге, можно ожидать увеличения возможностей для прогнозирования их свойств по значениям тандемных повторов в локусах, имеющих диагностическую ценность.

Об авторах

В. М. Дубянский
ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
Россия
доктор биологических наук, заведующий отделом эпидемиологического мониторинга и прогнозирования ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора.


А. С. Волынкина
ФКУЗ Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
Россия
научный сотрудник лаборатории природно-очаговых инфекций


А. П. Анисимов
ФБУН ГНЦ прикладной микробиологии и биотехнологии Роспотребнадзора
Россия
доктор медицинских наук, профессор, заместитель директора по науке ФБУН ГНЦ ПМБ Роспотребнадзора


Список литературы

1. Гублер Е.В. Вычислительные методы анализа и распознавания патологических процессов. Ленинград: Медицина, 1978. 296 с.

2. Дубянский М.А., Кенжебаев А., Степанов В.М., Асенов Г.А., Дубянская Л.Д. Прогнозирование эпизоотической активности чумы в Приаралье и Кызылкумах. Нукус: Каракалпакстан, 1992. 240 с.

3. Евченко Ю.М., Ефременко Д.В., Кузнецова И.В., Мезенцев В.М., Белявцева Л.И., Платонов М.Е., Евсеева В.В., Дентовская С.В., Анисимов А.П., Куличенко А.Н. Изучение генетического разнообразия штаммов Yersinia pestis из Центрально-Кавказского высокогорного природного очага чумы // Прблемы особо опасных инфекций. 2013. № 4. С. 51-55.

4. Проценко С.Л., Сердюкова Т.В., Розанова Г.Н. Выявление новой плазмиды у пролинзависимых штаммов возбудителя чумы из Центрально-Кавказского природного очага и гетерогенность циркулирующих в нем штаммов по плазмидному составу. В кн.: Особо опасные инфекции на Кавказе. Ставрополь, 1987. С. 265–267.

5. Lowell J.L., Zhansarina A., Yockey B., Meka-Mechenko T., Stybayeva G., Atshabar B., Nekrassova L., Tashmetov R., Kenghebaeva K., Chu M.C., Kosoy M., Antolin M.F., Gage K.L. Phenotypic and molecular characterizations of Yersinia pestis isolates from Kazakhstan and adjacent regions. Microbiology, 2007, vol. 153, pp 169-177.

6. Klevytska A.M., Price L.B., Schupp J.M., Worsham P.L., Wong J., Keim P. Identification and characterization of variable-number tandem repeats in the Yersinia pestis genome. J. Clin. Microbiol, 2001, vol. 39, no. 9, pp. 3179-3185.

7. Li Y, Cui Y, Cui B, Yan Y, Yang X, Wang H, Qi Z, Zhang Q, Xiao X, Guo Z, Ma C, Wang J, Song Y, Yang R. Features of variable number of tandem repeats in Yersinia pestis and the development of a hierarchical genotyping scheme. PLoS One, 2013, vol. 8 no 6, e66567 [doi:10.1371/journal.pone.0066567]

8. Yanjun Li , Yujun Cui , Yolande Hauck, Mikhail E. Platonov, Erhei Dai, Yajun Song, Zhaobiao Guo, Christine Pourcel, Svetlana V. Dentovskaya, Andrey P. Anisimov , Ruifu Yang, Gilles Vergnaud. Genotyping and phylogenetic analysis of Yersinia pestis by MLVA: insights into the worldwide expansion of Central Asia plague foci. PLoS One, 2009, vol. 4 no. 6, e6000 [doi:10.1371/journal.pone.0006000]


Дополнительные файлы

1. Метаданные
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (25KB)    
Метаданные
2. Подписи авторов
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (371KB)    
Метаданные
3. Титульный лист
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (28KB)    
Метаданные
4. Резюме
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (34KB)    
Метаданные
5. Таблица 1
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (48KB)    
Метаданные
6. Таблица 2
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (27KB)    
Метаданные
7. Таблица 3
Тема
Тип Исследовательские инструменты
Скачать (102KB)    
Метаданные
8. Список литературы
Тема
Тип Прочее
Скачать (29KB)    
Метаданные

Для цитирования:


Дубянский В.М., Волынкина А.С., Анисимов А.П. VNTR локусы как индикаторы пролинзависимых штаммов микроба чумы (Yersinia pestis) в Центрально-Кавказском высокогорном природном очаге чумы. Инфекция и иммунитет. 2020;. https://doi.org/10.15789/2220-7619-VLA-770

For citation:


Dubyanskiy V.M., Volynkina A.S., Anisimov A.P. VNTR LOCI AS INDICATORS OF PROLINE-DEPENDENT PLAGUE MICROBE STRAINS (YERSINIA PESTIS) IN THE CENTRAL CAUCASIAN MOUNTAIN NATURAL PLAGUE FOCUS.. Russian Journal of Infection and Immunity. 2020;. (In Russ.) https://doi.org/10.15789/2220-7619-VLA-770

Просмотров: 99


Creative Commons License
Контент доступен под лицензией Creative Commons Attribution 4.0 License.


ISSN 2220-7619 (Print)
ISSN 2313-7398 (Online)